Η Εταιρεία είναι μια ευρεία κοινότητα επιστημόνων που δραστηριοποιούνται σε ποικίλους χώρους, όπως ακαδημαϊκοί, ερευνητές, μελετητές, φοιτητές, στελέχη περιβαλλοντικών οργανώσεων κ.α., η οποία επιδιώκει την προαγωγή της οικολογικής έρευνας και τη διάχυση της επιστημονικής γνώσης τόσο στην επιστημονική κοινότητα όσο και στην κοινωνία. Σε αυτό το πλαίσιο, οι επιμέρους στόχοι που έχει θέσει είναι οι εξής:

1. Η προαγωγή της επιστήμης της Οικολογίας με στοχευμένες ερευνητικές και επιστημονικές δράσεις που αναλαμβάνει ή υποστηρίζει η εταιρεία.

2. Η διάχυση της επιστημονικής γνώσης μέσω της διοργάνωσης ενός συνεδρίου κάθε δύο χρόνια, το οποίο συνιστά την κυριότερη συστηματική δραστηριότητα της Εταιρείας. Στο συνέδριο παρουσιάζονται νέα ευρήματα της επιστήμης της Οικολογίας από Έλληνες αλλά και ξένους ερευνητές που συμμετέχουν είτε ως ειδικοί προσκεκλημένοι ή ως συνδεόμενοι με Ελληνικές ερευνητικές ομάδες.

3. Η ενημέρωση για συναφή με την Οικολογία προγράμματα σπουδών (στην Ελλάδα) και για επικείμενες διοργανώσεις συνεδρίων, θερινών σχολείων, σεμιναρίων ή άλλων σχετικών παρεμβάσεων, καθώς και για δυνατότητες υποτροφιών όπως και για θέσεις εργασίας, με στόχο την υποστήριξη των φοιτητών και των νέων επιστημόνων ως προς τις επαγγελματικές τους επιλογές.

4. Η κοινωνική παρέμβαση της Εταιρείας για ανάδειξη και εφαρμογή στην πράξη της επιστήμης της Οικολογίας με έκφραση τεκμηριωμένης επιστημονικά άποψης σε σημαίνοντα θέματα πολιτικής, νομοθεσίας και διαχείρισης του φυσικού περιβάλλοντος της Ελλάδας.